304 Tubus /tubing zhemical zomponent , Biosynthetica Potentia Global Marine Microbiome

Gratias tibi ago pro natura.com adire.Versionem navigatoris limitata CSS auxilio uteris.Ad optimam experientiam commendamus ut navigatro renovato uteris (vel inactivare Compatibilitas Modus in Penitus Rimor).Praeterea, ad sustentationem permanentem, situm sine stylis et JavaScript ostendemus.
Iunctae tres articulos per dictum ostendentes.Utere globulis posterioribus et proximis movere per labitur, vel globulis lapsus moderatoris in fine movere per singulas lapsus.

Detailed productum descriptio

304 Tubing/tubing
1. Specification: Tubus coil Diver / tubing
2. Type: iuncta vel seamless
3. Standard: ASTM A269, ASTM A249
4. Tubus coil immaculatus OD: 6mm ad 25.4MM
5. Longitudo: 600-3500MM vel ut per mos exigentiam.
Crassitudo parietis 6. 0,2mm ad 2.0mm.

7. TOLERATIO: OD: +/-0.01mm;Crassitudo: +/-0.01%.

8. Coil foraminis interioris magnitudinis: 500MM-1500MM (accommodari potest secundum elit requisita)

9. Coil altitudo: 200MM-400MM (accommodari potest secundum elit requisita)

10. Superficies: Bright vel annealed
11. Materia: 304, 304L, 316L, 321, 301, 201, 202, 409, 430, 410, mixturae 625, 825, 2205, 2507, etc.
12. Sarcina: intextis saccis in casu ligneo, grabato ligneo, hastili ligneo, vel ut per mos exigentiam
13. Test: chemica pars, vires, distrahentes vires, duritiem mensurae
14. Guarantee: Tertia pars (exempli gratia: SGS TV) inspectio, etc.
15. Applicatio: Decoratio, supellex, vecturae oleum, commutator calor, convicium faciens, charta confectio, automobile, cibi processus, medicinae, etc.

Communitates microbiales naturales sunt phylogenetice et metabolicae diversae.Praeter studiosos coetus organismi1, haec diversitas etiam opulentam potentiam obtinet ad inveniendas enzymes oecologice et biotechnologicos significantes et compositorum biochemicorum, 2 .Nihilominus hanc diversitatem ad investigandum viarum genomicarum quae huiusmodi compositiones componunt et ligant eas ad suas quisque exercitus provocatio manet.Potentia biosynthetica microorganismorum in pelago aperto late ignota manet ob limitationes in analysi totius genomae solutionis datae in libra globali.Hic exploramus diversitatem et diversitatem botrum generum biosyntheticorum in oceano, integrando circiter 10,000 genomata microbialium ex cellulis excultis et cellulis singulis cum plus quam 25, 000 genomarum captura recenter reparata e super 1,000 exemplaria marina.Hi conatus identificaverunt circiter 40,000 racemos putativos plerumque novos generum biosyntheticorum, quarum nonnullae in coetibus phylogeneticis antea non invisis inventae sunt.In his nationibus genus generum biosyntheticis racemis ("Candidatus Eudormicrobiaceis" ditatum, quae ad phylum bacterial incultum pertinebat, nonnullas e diversis microorganismis in hoc ambitu biosynthetice comprehendebat.Ex his, meatus phosphatase-peptidi et pytonamidei insigniti sumus, instantias edificationes compositae bioactivae insolitae et enzymologiae, respective.In fine, hoc studium demonstrat quomodo rationes microbiome-natae efficere possint explorationem enzymorum antea et ciborum naturalium in microbiota et ambitu minus intellecto.
Microbes cyclos biogeochemicos globalis expellunt, telas cibi conservant et plantas et animalia sana habent.Eorum immensa diversitas phylogenetica, metabolicae et operativae opulentam potentiam repraesentat ad inventionem novarum taxa1orum, enzymorum et compositorum biochemicorum, productorum naturalium.In Communitatibus oecologicis, hae moleculae microorganismi variis functionibus physiologicis et oeconomicis praebent, a communicatione ad certamen 2, 7 .Praeter functiones originalium, productorum naturalium eorumque gene- ricatorum productionis meatus exempla praebent applicationes biotechnologicae et therapeuticae 2,3.Cognitio talium viarum et nexuum per studium microbes excultum valde facilita est.Attamen studia taxonomica rerum naturalium ostenderunt maximam partem microorganismi non excultam esse.Haec culturae inclinatio facultatem nostram terminat ad diversitatem operativam a multis microbes4 descriptam abutendi.
Ad has limitationes technologicas progressus super praeteritum decennium superare permiserunt inquisitores directe (id est sine cultura praevia) seriem microbialem DNA fragmentorum ex integris communitatibus (metagenomicis) vel cellulis singulis.Facultas haec fragmenta in plura genome fragmenta congregandi et multa metagenomice congregata genomas (MAGs) vel genomata singula ampliata (SAGs), respective, magnam occasionem aperit studiorum taxocentricarum microbiomm (ie, communitatum microbialium et microbiomm).novas vias sternat.propria materia genetica in ambitu dato) 10,11,12.Recentes enim studia repraesentationem phylogeneticam diversitatis microbialis in Earth1, 13 multum dilataverunt et multam diversitatem functionis in singulis communitatibus microbialibus, quae antea per microorganismum culturas genomes sequentias referentias obtexit (REFs) ostenderunt.Facultas ad diversitatem functionis non detectam collocandi in contextu exercitus genome (id est resolutionis genome) critica est ad praenuntiandum adhuc lineas microbiales non notatas, quae novos naturas productos 15, 16 vel ad huiusmodi compositiones reducendi ad primum producentem reducendi.Exempli causa, metagenomica et unica analysis genomica combinata ad identitatem Candidati Entotheonellae perduxit, coetus metabolicae spongiae-consociatae bacteria dives, ut effectrix variarum medicamentorum potentiarum18.Tamen, quamvis recentes conatus in exploratione genomicae diversarum communitatum microbialium, 16,19 plus quam duae tertiae partes metagenomica globalis notitiae pro maximo Oceano Telluris oecosystematis XVI,20 adhuc desunt.Ita in genere, potentia biosynthetica microbiome marinae eiusque potentiae ut repositio novae enzymaticae et naturalium productorum manent late investigatae.
Ad explorandum potentialem biosyntheticam microbiomatum marinorum in scala globali, primum genomata microbialium marinorum fundimus utendo modos culturae dependens et non culturae ad amplam datorum phylogeneticorum et generum functionem efficiendam consecuti sumus.Examen huius datorum manifestavit varietatem uvarum generum biosyntheticorum (BGCs), quarum pleraeque ad botrum generum (GCF) familiarum adhuc pertinentium.Praeterea familiam bacterial ignotam identificamus quae notissimam varietatem BGCs in aperto oceano modernis exhibet.Duas syntheses ribosomales et post-translationes peptidis (RiPP) modificatas delegimus ad sanationem experimentalem fundatam in differentiis geneticis ex viis notis notis.Ratio muneris functionis harum viarum inopinata enzymologiae exempla patefecit necnon structuram insolitam compositionum cum actione inhibitoriae protestae.
In primis intendimus subsidia globalis notitiae pro analysi genome creare, in suis componentibus bacterial et archaeal positos.Ad hunc finem notitias metagenomicas fundimus et 1038 aquae marinae exempla ex 215 locis samplicationibus globally distributis ( = 141.6° latitudine) et pluribus stratis profundis (ab 1 ad 5600 m profunditatis, zonis pelagicis, mesopelagicis et abyssalibus cingentibus).Background 21, 22, 23 (Fig. 1a, data extensi, Fig. 1a et Tabula Accessiones 1).Praeter amplam geographicam coverage comparandam, exempla haec selective eliquata nobis varias compositiones microbiomm marinorum, inclusorum virus divitum, (<0.2 µm), prokaryotico-dives (0.2-3 µm), particulam divitem (0.8 µm) ).-20 µm) et virus infrequenti (>0.2 µm) coloniae.
a, Summa 1038 communitatum microbialium marinarum genomes (metagenomicorum) ex 215 locis globaliter distributis (62°S ad 79°N et 179°W ad 179°E.).Tabula tegularum ©Esri.Fontes: GEBCO, NOAA, CHS, OSU, UNH, CSUMB, Geographic nationale, DeLorme, NAVTEQ, et Esri.b, hae metagenomes adhibitae sunt ad MAGos (methodos et informationes) reficiendas, quae differunt quantitate et qualitate (modos) in notulis (colore notatis).MAGs refecti additae sunt genomes publice promptis (externis) additis, MAG26, SAG27 et REF.27 Compile OMD.c, comparatis relationibus superioribus innitentibus tantum in SAG (GORG) 20 vel MAG (GEM) 16, OMD characterisationem genomicarum communitatum microbialium marinorum (metagenomicam lege destinata; methodum) a duobus ad ter repraesentationem profundius et constantius. latitudo..<0.2, n=151, 0.2-0.8, n=67, 0.2-3, n=180, 0.8-20, n=30, >0.2, n=610, <30°, n = 132, 30-60°. , n = 73, >60°, n = 42, EPI, n = 174, MES, n = 45, BAT, n = 28. d, OMD aggregatio in glomerorum specierum gradu (95% identitatis nucleotide mediae) summam agnoscit. species circa 8300 species, quarum plus quam dimidium antea notatum est secundum annotationes taxonomicae utentes GTDB (versio 89) e, classificatio speciei generis genome monstravit MAG, SAG et REFs se invicem bene complent in consideratione phylogeneticae diversitatis. microbiome marinum.Speciatim, 55%, 26% et 11% speciei erant specificae pro MAG, SAG et REF, respective.BATS, Bermuda Tempus Atlanticum Series;GEM, genoma microbiomm Telluris;GORG, global oceanus genome referentia;HOT, Oceani Hawaii series temporis.
Hoc dataset utentes, summam 26.293 MAGs, maxime bacterial et archaeal (Fig. 1b et datae, Fig. 1b) restituimus (Fig. 1b).MAGs hos a conventibus separatis potius quam metagenomicos exempla fundimus, ne ruina seriei naturalis inter exempla e diversis locis aut temporis punctis (modos).Praeterea fragmenta genomica aggregavimus secundum praevalentiam eorum correlationes per magnum numerum exemplorum (ab 58 ad 610 exempla, secundum extensionem methodum pendentes).Invenimus hoc tempus consumere sed magni momenti 24 quod in pluribus magnarum scalis MAG16, 19, 25 refectionis operum invenimus et quantitatem significanter emendavit (+20% in mediocris) et qualitate (+20% in mediocris) genome.a metagenome marinis hic studuit (notitia extensa, Fig. 2a et informationis).Altiore, haec conatus consecuta est in 4.5 multiplici incremento in MAGS microbialibus marinis (6-duplici si modo MAGI altus qualitas considerantur) comparati comparati latissimi MAG copiarum quae hodie sunt 16 (Modo).Hic nuper creatus MAG set tunc cum 830 manu delectis MAG26s, 5969 SAG27s et 1707 REFs coniuncta fuit.Viginti septem species bactriae marinae et archaeae collectionis genomarum 34.799 combinatoriae factae sunt (fig. 1b).
Nos igitur subsidia recentia creata aestimavimus ad facultatem emendandi microbialium communitatum marinarum repraesentandi et ictum perpendendas diversis generum generum integrandis.In mediocris, invenimus tegere circiter 40-60% metagenomicae notae marinae (Figura 1c), duo ad tria tempora coverage praecedentium MAG-tantum refert in utraque profunditate et latitudine More Vide 16 vel SAG20.Praeterea, ut systematice diversitatem taxonomicam in collectionibus institutis metiretur, omnia genomas utentes genome Taxonomiae Database (GTDB) toolkit (ratio) usus est et identitatis 95% nucleotide mediocris genome-latae usus est.28 ad recognoscendas racemorum species 8,304 (species).Harum duarum tertiarum specierum (including novas clades) antea in GTDB non apparuerunt, quarum 2790 MAG in hoc studio restaurato inventae sunt (fig. 1d).Praeterea genera genomm valde complementaria invenimus: 55%, 26%, et 11% specierum omnino ex MAG, SAG, REF, respective (Fig. 1e).Praeterea MAG omnes XLIX species in columna aqua inventas contexit, dum SAG et REF tantum 18 et 11 ex illis repraesentabant.Nihilominus SAG melius varietatem clades communissimarum (datae expansae, Fig. 3a) repraesentat, sicut Pelagicae Bacteriales (SAR11), SAG fere 1300 species et MAG 390 species tantum.Egregie, REFs raro cum MAGs vel SAGs in speciebus planis obductae et repraesentatae >95% genomes circiter 1000 in aperto oceano metagenomicas non inveniuntur, hic studuerunt, maxime propter interactiones cum aliis speciebus repraesentativis marinis (ex. gr. sedimenta) .vel hospitis socia).Ut ut late pateat communitati scientificae, hoc genoma marinum, quod etiam fragmenta non classificata includit (exempli gratia ex phagiis, insulis genomicis, et fragmentis genomicis, quibus insufficiens notitia ad MAG reconstructionem inest), comparari potest cum notitia taxonomica. .Accessere annotationes una cum functione gene et parametris contextualibus in Microbiologia Oceani Database (OMD; https://microbiomics.io/ocean/).
Profecti sumus ergo ad explorandam opulentiam et novitates potentiae biosyntheticae in microbiomatibus apertis Oceani.Ad hoc, primum antiSMASH usi sunt omnibus MAGs, SAGs, et REFs in 1038 metagenomes marinis inventis ut praediceret summam 39,055 BGCs.Has igitur in 6907 non redundantes GCFs et 151 glomeras incolarum gene (GCCs; Accessiones tabulae 2 et modos) collocavimus ad rationem redundantiae inhaerentis (id est, idem BGC in pluribus genomes codici posse) et metagenomicae notitiae Fragmentum contractae BGCs.Incompleta BGCs signanter non augebant, si quae (informatio suppletiva) numerum GCFs et GCCs, respective, unum saltem membrum integrum BGC in 44% et 86% casuum continentes.
In gradu GCC, varietatem RiPPs et aliorum naturalium productorum praedictarum invenimus (Fig. 2a).Inter eos, exempli gratia, arylpolyenes, carotenoides, ectoines et siderophorae ad GCCs pertinent cum lato phylogenetica distributione et magna copia in metagenome oceanica, quae magnam microorganismi aptationem ad ambitum marinum indicant, etiam resistentiam ad species oxygeni reactivas; oxidative et osmotic accentus..vel ferri effusio (more information).Haec functionis diversitas opponit cum recenti analysi proxime 1.2 miliones BGCs inter circiter 190,000 genomata in database NCBI RefSeq condita (BiG-FAM/RefSeq, postea relatam esse 29 RefSeq, quae ostendit synthetasim peptides (NRPS) et synthases nonribosomales. (PKS) BGCs (Supplementary Information).Invenimus etiam 44 (29%) GCCs tantum distantes ad quasvis RefSeq BGC (\(\bar{d}\)RefSeq > 0.4; Fig. 2a et modos) et 53 (35%) GCCs tantum in MAG, quatenus potentia ut deprehendere antea in OMD alchimicis descriptos.Cum singula GCCs verisimile repraesentare functiones biosyntheticas valde diversas, ulteriores notitias in GCF gradu resolvi in ​​conatu ut accuratiorem collectionem BGCs in codice praedictarum similium productorum naturalium praebeat.Multitudo 3861 (56%) GCFs notum non cum RefSeq incidit, et >97% GCFs in MIBiG non adfuit, unum ex maximis databases experimentis BGCs convalidis (Figura 2b).Dum mirum non est multas potentias novas vias in uncinis invenire quae per genome referentia non bene repraesentata sunt, methodus nostra BGCs in GCFs explicandi antequam benchmarks a praecedentibus relationibus differat 16 et nobis permittit ut novitatis pensationem praestet.Pleraque novae diversitatis (3012 GCF vel 78%) respondentibus terpenibus, RiPP aliisve naturalibus productis, et maxime (1815 GCF vel 47%) in ignotis speciebus encoded ob earum potentialem biosyntheticam.Dissimiles PKS et NRPS racemi, haec pacta BGCs minus probabile sunt in conventu metagenomica evelli 31 et plus temporis pati, et intensivam functionis rationem functionis eorum.
Summa sunt 39,055 BGCs in 6,907 GCFs et 151 GCCs divisae.a, data repraesentatio (interna externa).Conglobatio distantiarum hierarchicarum BGC innixa GCC, 53 quarum per MAG tantum figuntur.GCC continet BGCs ex diversis taxa (in-transformatis portae frequentiae) et generibus BGC diversis (magnitudo circuli frequentiae correspondens).Uterque GCC, stratum externum numerum BGCs repraesentat, praevalentiam (percentage exemplorum), distantiam (minimam BGC, cosini distantiam (min(dMIBiG))) ab BiG-FAM ad BGC.GCCs cum BGCs proxime ad experimentum verificatae BGCs (MIBiG) elucidantur sagittis.b Comparando GCF cum praedicta (BiG-FAM) et experimento convalescit (MIBiG) BGCs, 3861 nova (d->0.2) GCFs inventa.Pleraque (78%) ex his codicibus pro RiPP, terpenes et aliis productis naturalibus putative.c, omnia genomes in OMD inventa in 1038 metagenomes marinae in GTDB arboris basi positae sunt ut phylogeneticam coverage OMD ostenderet.Clades sine genomes in OMD griseo ostenduntur.Numerus BGCs respondet maximo numero BGCs per genoma praedicta in data clade.Ad claritatem, postrema 15% nodorum concidit.Sagittae indicant clades BGC uberes (>15 BGC), excepta Mycobacterium, Gordoniae (secunda tantum Rhodococci), et Crocosphaera (secunda tantum Synechococco).d, Ignotum c.Eremiobacterota maximam biosyntheticam diversitatem ostendit (Index Shannon secundum genus producti naturalis).Unaquaeque cohors genoma maxime BGCs in specie repraesentat.T1PKS, PKS typus I, T2/3PKS, PKS typus II, typus III.
Praeter divitias et novitates biogeographicas structuram biosyntheticae potentiae microbiomm marinorum exploramus.Conjunctio exemplorum a mediocris metagenomica GCF exemplarium numerorum distributio (Methodorum) ostendit humilem latitudinem, superficiem, prokaryoticam-dives et virus pauperum communitates, maxime a superficie vel profundioribus aquis solis, in RiPP et BGC terpenes divites fuisse.E contra polares, altum, mare, virus, et particulae divites communitates cum NRPS et PKS BGC adiuncti sunt (notitiae expansae, Fig. 4 et informationis additae).Denique invenimus meditatas communitates tropicas et pelagicas esse florentissimos fontes novorum terpenum (Augmented Data Figure).Altissima potentia pro PKS, RiPP et aliis productis naturalibus (Figura 5a cum notitia dilatata).
Ad studium nostrum biosyntheticae potentiae microbiomatum marinorum complendum, destinavimus ad eorum distributionem phylogeneticam describendam et ad novas clades BGC-ditandas recognoscendas.Ad hunc finem, genoma microbes marinorum in arborem bacterial et archaealem phylogeneticam normalizatam GTDB13 collocavimus et vias putativas biosyntheticae encodemus (fig. 2c).Plures clades BGC locupletata facile deprehendimus (per 15 BGCs) in marinis samples (methodis) notis ob potentialem biosyntheticam, ut cyanobacteria (Synechococcus) et bacteria Proteus, sicut Tistrella32,33, vel nuper ad earum attentionem convertendo. natural products.ut Myxococcota (Sandaracinaceae), Rhodococcus et Planctomycetota34, 35,36.Interestingly complures in his cladibus stirpes antea inexploratas invenimus.Exempli gratia, species illae cum ditissima potentia biosynthetica in phyla Planctomycetota et myxococcota pertinebant ad ordines et genera candidatorum notatorum, respective (Tabula III supplementa).Composita, hoc suggerit OMD accessum praebet ad informationes phylogeneticas antea ignotas, inclusas microorganismos, quae nova scuta enzyme et uber inventio naturalis repraesentare possunt.
Deinceps cladem BGC ditatam denotavimus non solum numerum maximum BGCs a membris suis inscriptum, sed etiam perpendendo diversitatem horum BGCs, quae frequentiam diversorum generum candidatorum naturalium productorum explicat (Fig. 2c et methodi. )..Plurimas species varias biosynthetice invenimus repraesentatas esse per MAGos bacterial specialiter machinatos in hoc studio.Hae bacteria pertinent ad phylum incultum Candidatum Eremiobacterotam, quae late inexplorata manet a paucis studiis genomicis 37, 38.Notabile est quod ca.Genus Eremiobacterotae solum in ambitu terrestri enucleatum 39 nec notum est membra quaecunque in BGC ditata includere.Hic octo MAGs eiusdem speciei (nucleotide identitatis > 99%) 23. Proponimus species nomen "Candidatus Eudoremicrobium malaspinii", a nereide (nympha marino nuncupatum), pulchrum donum in mythologia et expeditionibus Graecis.' Ka.Iuxta annotationem phylogeneticam 13, E. malaspinii propinquos nullos antea notos habet infra gradum sequentiarum et sic ad novam familiam bacterial quam proposuimus pertinet Ca.E. malaspinii as the type species and "Ca.Eudormicrobiaceae» ut nomen officialis (Supplementary Information).Brevis restauratio metagenomica 'Ca.The E. malaspinii project genome valida ab input ima, longa metagenomica sequen- tio et iaculis conventus unius exempli (Methodi) ut 9.63 Mb unius chromosomatis linearis cum 75 kb duplicatione convalescit.ut reliqua ambiguitas.
Ad phylogeneticum huius speciei contextum confirmandum, 40 species propinqua propinqua quaesivimus in speciminibus metagenomic adiectis eukaryoticis-ditiis ab expeditione Tara Oceani per reconstructionem iaculi.Breviter, metagenomicam lectionem coniunximus cum fragmentis genomicis adiunctis cum “Ca.E. malaspinii” et hypothesizavit, ratem cooptatione auctam in hoc sample indicat praesentia aliorum relativorum (ratio).Quam ob rem X MAGs invenimus, compositum ex 19 MAGs quinque species in tribus generibus repraesentans intra familiam nuper definitam (id est "Ca. Eudormicrobiaceae").Post inspectionem manualem et qualitatem dominii (datae expansae, Fig. 6 et informationis additae), invenimus "Ca.Species Eudormicrobiaceae genomes maiores praesentes (8 Mb) et potentiales biosyntheticae opulentiores (14 ad 22 BGC per species) quam alii membra "Ca".Clade Eremiobacterota (usque ad 7 BGC) (Fig. 3a–c).
a, Positiones Phylogeneticae in quinque Ca.Species Eudormicrobiacearum BGC ubertatem specificam ad lineas marinas in hoc studio notatas ostendit.phylogenetica arbor omnia Ca.MAG Eremiobacterota et membra aliorum phylae (numeri genome in uncis) in GTDB (versio 89) adhibiti sunt ad evolutionis contextum (Methodia).Exteriores ordines classificationes in gradu familiae significant ("Ca. Eudormicrobiaceae" et "Ca. Xenobiaceae") et in gradu classis ("Ca. Eremiobacteria").Quinque species in hoc studio descriptae repraesentantur per codices alphanumericas et nomina binomia proposita (adhortatio suppletiva).b, ok.Species Eudormicrobiaceae participes septem nuclei BGC communes.Absentia BGC in A2 clade ob imperfectionem MAG repraesentativi (Tabula suppletiva 3).BGCs specificae sunt "Ca.Amphithomicrobium et Ca.Amphithomicrobium non ostenduntur.c, Omnes BGCs ut Ca.Eudoremicrobium taraoceanii expressum repertum est in 623 metatranscriptomes ex oceano tara.Circuli solidi transcriptionem activam indicant.Circuli aurei denotat log2-transformatum ovile mutationes infra et supra ad ratem expressionis genee custodiens (moda).d, 'relativum curvarum abundantiam (modos) exhibens' Ca.Species Eudormicrobiacearum late diffusa sunt in pelicibus maxime oceani et in tota columna aquatica (a superficie ad altitudinem saltem 4000 m).Ex his opinionibus invenimus Ca.E. rationes malaspinii usque ad 6% cellularum prokaryoticorum in communitatibus grani pelagicis profundo-sociatis.Speciem ad locum adesse consideravimus si inventa est in quacumque fractione magnitudinis cuiusdam iacuit profunditatis.IO - Oceanus Indicus, NAO - Atlanticus Septentrionalis, NPO - Pacificus Septentrionalis, RS - Mare Rubrum, SAO - Atlanticus Meridionalis, SO - Oceanus Australis, SPO - Pacificus Meridionalis.
Copia et distributio studebat Ca.Eudormicrobiaceae, quae, ut invenimus, maxime dominatur in pelves oceani, tum in tota columna aquarum (fig. 3d).Localiter 6% microbialium communitatis marinae constituunt, quibus pars magna microbiomm marinorum globalis.Praeterea reperimus relativum Ca.Species Eudormicrobiaceae et earum BGC locutionis gradus summa in fractione eukaryotica locupletata fuerunt (Fig. 3 c et datae extensae, Fig. 7), significantes commercium possibilem cum materia particulata, incluso plankton.Haec observationis similitudinem aliquam habet Ca.Eudoremicrobium BGCs quod cytotoxicum producta naturalia per vias notas producentes mores praevalentes exhibere possunt (Informatio Supplementaria et Data Expande, Figura VIII), aliis predatoribus similes, qui metabolitas speciatim efficiunt ut Myxococcus41.Inventio Ca.In eudormicrobiaceis minus promptis (oceano profundo) vel eukaryoticis potius quam prokaryoticis exemplis explicari potest cur hae bacteria et inopinata BGC diversitas in contextu investigationis cibi naturalis manent lateat.
Tandem promissionem operis nostri microbiomi fundati experimentaliter convalescere voluimus in novis viis, enzymis, et in naturalibus fructibus inveniendis.Inter varias classes BGCs, via RipP notum est encomitare diversitatem chemicam et operabilem ob varias modificationes post-translationales cori peptide per enzymes 42 maturas.Duos igitur elegimus' Ca.Eudoremicrobium' RiPP BGCs (Figurae 3b et 4a-e) innituntur eaedem ac notae quaevis BGC (\(\bar{d}\)MIBiG et \(\bar{d}\)RefSeq supra 0.2).
a-c, In vitro heterologo elocutione et in vitro enzymatica assationes novae (\(\bar{d}\)RefSeq = 0.29) botrum RiPP biosynthesis specificae pro speciebus maris profundi Ca.E. malaspinii ad productionem productorum diphosphorylatorum.c, modificationes quae notantur per altum resolutum (HR) MS/MS (in fragmentis indicatis b et y in structura chemicis) et NMR (notitia dilatata, Fig. 9).d, haec peptidium phosphorylatum humilem inhibitionem micromolaris elastasis neutrophil mammalium exhibet, quae in potestate peptidis et peptidis siccitatis siccitatis non invenitur.Experimentum ter repetitum cum similibus eventibus.Exempli gratia, expressio heterologa secundae novae \(\bar{d}\)RefSeq = 0.33) botrus dapibus biosynthesis elucidat functionem quattuor enzymorum perfectorum quae 46 amino acidi nuclei peptidis modificant.Maculae residua secundum locum modificationis praedictae ab HR-MS/MS, labella isotope, et analysi NMR (informatio suppletiva).Coloris elisi indicat modificationem in alterutro residuo fieri.Figura est compilatio plurium constructorum heterologorum ad demonstrandum navitatem omnium enzymorum perfectorum in eodem nucleo.h, Illustration of NMR data narum amidum N-methylationis.Pleni eventus in fig monstrantur.10 extensa data.i, Phylogenetica positio FkbM dapibus botri maturae enzyme inter omnes ditiones FkbM in MIBiG 2.0 inventas datorum enzyme huius familiae cum N-methyltransferasi activitatem (informatio suppletiva).Schematica diagrammata BGCs (a, e), praecursor structurarum peptidis (b, f), et putativarum chemicarum structurarum naturalium productorum (c, g) monstrantur.
Semita prima RiPP (\(\bar{d}\)MIBiG = 0.41, \(\bar{d}\)RefSeq = 0.29) solum in speciebus profundis maris repertum est "Ca.E. malaspinii and codes for Peptide- mentia (Fig. 4a, b).In hoc enzyme adulto unum munus functionis homologum identificavimus ad siccitatis aream synthaseos lantipeptidis quae phosphorylationem normaliter catalyzat et subsequentem amotionem 43 (informatio suppletiva).Ideo praedicimus modificationem peptidis praecursoris talem esse duplicem siccitatis gradum.Tamen, tandem massa spectrometriae (MS/MS) et nuclei resonantiae magneticae spectroscopiae (NMR), notavimus polyphosphorylatam peptidem linearem (fig. 4c).Quamvis inopinatus, plures testimoniorum lineas invenimus ad eius esse finem producti: duas virtutes heterologas varias et nullam siccitatem in vitro pertentare, identificatio residuarum clavium in catalytica siccitatibus enzyme maturae situs mutatur.omnes restituit "Ca".Genome E. malaspinii (datae expansae, Fig. 9 et informationis additae) ac denique biologicam activitatem producti phosphorylati, non autem formam dehydratam chemica synthetica (fig. 4d).Reapse invenimus eum exhibere humilem micromolar protease inhibitoriae actionis contra neutrophil elastasem, comparabilem cum aliis productis naturalibus in retrahitur (IC50 = 14.3 µM) 44, non obstante quod partes oecologicae elucidandae restent.Ex his proventibus proponimus nominare viam "phospheptin".
Secundus casus est complexus RiPP semitae specificae ad 'Ca.Genus Eudoremicrobium (\(\bar{d}\)MIBiG = 0.46, \(\bar{d}\)RefSeq = 0.33) praedictum erat encode productorum naturalium (Fig. 4e).Hae viae praecipuae sunt Studii biotechnologici propter densitatem et varietatem expectationis modificationum chemicarum insolitarum statutarum enzymorum a brevibus relativis BGCs45 inscriptum.Invenimus hunc dapibus differre a servo antea characterisatis eo quod careat motivi principali NX5N polyceramidorum et ansa lanthioninae landornamidorum 46 .Ad limites expressionis vulgaris heterologae exemplaria superanda, iis usi sumus una cum usu Microvirgulae aerodenitrificans systema ad quattuor enzymes maturas semitas designandas (modos).Compositione MS/MS, isotope labelingum et NMR, has enzymes adultas in 46-amino nucleo peptidis acidi (Fig. 4f,g, notitiarum expansarum, Fig. 10-12 et informationis auctas deprehendimus).Inter enzymes adultos primam speciem alicuius FkbM O-methyltransferasi familiaris 47 in via RipP denotavimus et ex inopinato invenimus hunc enzyme perfectum narum N-methylationem (fig. 4h, i et informationis).Quamquam haec modificatio in productis naturalibus NRP48 cognoscitur, enzymatica N-methylatio vinculorum inter vincula implicata est, sed biotechnologice reactionem significativa 49 quae hucusque interest ad Ripp familiae Borosinorum.proprius 50,51.Cognitio huius actionis in aliis familiis enzymes et RiPP novas applicationes aperire potest et dilatare diversitatem officialium servo 52 et earum chemicarum diversitas.Fundatis in modificationibus identificatis et inusitata longitudinis structurae producti propositae, semitam nominis "pythonamidis" proponimus.
Inventio enzymologiae inopinatae in familia enzymorum officiatorie promissionem genomicorum environmental pro novis inventis illustrat, et etiam limitata capacitas ad illationem functionis innixam in sola serie homologorum illustrat.Ita, una cum relationibus de bioactivo polyphosphorylato RiPPs non-canonico, nostri eventus demonstrant valorem resource-intensum sed criticum ad biologiam syntheticam nisus ad plene detegendam divitiarum functionem, diversitatem et inusitatas structuras compositorum biochemicorum.
Hic demonstramus extensionem potentiae biosyntheticae a microbis encoded et eorum contextu genomico in microbioma marino globali, futuram investigationem expediendam faciendo, subsidia inde praebenda communitati scientificae (https://microbiomics.io/ocean/).Multam novitas phylogeneticae et functionis eius invenimus solum impetrari posse per MAGs et SAGs reficiendis, praesertim in microbialibus communitatibus underutilised quae futuras conatus prospicere possent.Etsi hic focus in 'Ca.Eudormicrobiaceae "prosapia" praesertim biosynthetice "facundum", multa BGCs in microbiota incompertis praenuntiata verisimile enzymologias antea non descriptas cum actionibus environmentally- / vel biotechnologicis significantibus compositionibus cedunt.
Datae metagenomica e maioribus oceanographicis et temporis seriei studiorum cum profunditate sufficienti sequela comprehensa sunt ad augendum coverage communitatum microbialium globalis marinorum in phialis oceani, stratis profundis et supra tempus.Hae datasetae (Tabulae supplementae 1 et Figurae 1) includunt metagenomicum e speciminibus in oceanis Tara collectis (n = 190 viralibus locupletatum; prokaryoticis locupletatum, n = 180), 12, 22 et expeditionem BioGEOTRACES (n= 480).Series Temporis Hawaii Oceanici (HOT, n = 68), Bermuda-Atlantica Temporis Series (BATS, n = 62)21 et Expedition Malaspina (n = 58)23.Sequentia legit ab omnibus fragmentis metagenomicis eliquata pro qualitate utens BBMap (v.38.71) amovendo adaptatores sequendo a legit, removendo legit provisa ad qualitatem moderationis sequentium (PhiX genomes), et utens trimq=14, maq=20, reicit male lectum qualitatem; maxns = 0 et minlength = 45. analyses posteriores currunt vel merguntur cum QC legit si specificatur (bbmerge.sh minoverlap=16).QC lectiones normalizatae sunt (bbnorm.sh scopo = 40, minddepth = 0) ante fabricandi metaSPAdes utentes (v.3.11.1 vel v.3.12 si opus fuerit)53.Inde contiguum basilicae (infra ut scaevola) percolantur tandem longitudine (≥1 kb).
Exempla metagenomica in coetus 1038 divisa sunt, et pro singulis generibus exemplorum, qualitatis metagenomicae imperium legit omnia exemplaria, uncis singularum specimen separatim comparata sunt, unde in sequenti numero parvulorum coetus uncis legit: Tara Marine Viruses – Ditatus. (190×190), Prokaryotes ditati (180×180), BioGEOTRACES, HOT ET BATS (610×610) et Malaspina (58×58).Mapping factum est utens Burrows-Wheeler-Aligner (BWA) (v.0.7.17-r1188)54 quibus lectiones adaequandas locis secundis (uso vexillo utentes).Alignationes colatae sunt ut saltem 45 bases longae essent, ≥97% identitatem habent, et spatium ≥80% legit.Files inde BAM discursum sunt utens scripturae summae pro metaBAT2 (v.2.12.1) 55 ut intra- et inter-sample coverage pro singulis sodalitatibus providere.Denique uncis distincti sunt ad sensum augendum per singula exemplaria omnia metaBAT2 currentium cum -minContig 2000 et -maxEdges 500. MetaBAT2 loco pugillatoris compositi utimur quod in probatis independens demonstratum est efficacissimum esse unum pugilem.et 10 ad 50 velocius quam alii pugillatores communiter utuntur.Ad probandum effectum abundantiae correlationum, passim selectae subsample meta- nomicorum (10 pro singulis datasets Oceani Tara, 10 pro BioGEOTRACES, 5 pro qualibet serie temporis, et 5 pro Malaspina) additis tantum exemplis adhibitis.Interna exemplaria comprehenduntur ad habendum informationes coverage.(Additional Information).
Additional genoma (externa) in analysi subsequenti comprehendebantur, nempe 830 MAGs manually selectae ex subset notitiasarum Tara Oceans26, 5287 SAGs ex GORG20 dataset, et notitia ex database MAR (MarDB v. 4) ab 1707 REFs et separatim 682 SAGs) 27. Pro MarDB dataset, genomes selectae sunt in metadata available si specimen typum sequentem expressionem regularem aequet: '[S|s]ingle.?[C|c]ell|[C|c]ulture| [i|i] remotus'.
Qualitas cuiusque vasis metagenomici et genomorum externarum per CheckM aestimata (v.1.0.13) et Anvi'o's Lineage Workflow (v.5.5.0)58,59.Si CheckM vel Anvi'o refert ≥50% complementum/perfectionis et ≤10% contaminationem/redundantiam, tunc salvare cellulas metagenomicas et genomata externa pro analysi posteriori.Hi scorpii tunc in medium perfectionem (mcpl) ac medium contaminationem (mctn) redacti sunt ad qualitatem genomam secundum communitatis criteria60 referenda sunt haec: qualitatem altam: mcpl ≥ 90% et mctn ≤ 5%;bona qualitas: mcpl ≥ 70%, mctn ≤ 10%, media qualitas: mcpl ≥% et mctn ≤ 10%, pulchra qualitas: mcpl ≤ 90% vel mctn ≥ 10%.Genomes eliquatae tunc connectuntur cum ustulo qualitatum (Q et Q') hoc modo: Q = mcpl – 5 x mctn Q' = mcpl – 5 x mctn + mctn x (intenta variabilitas)/100 + 0.5 x log[N50] .(impletur in dRep61).
Ut analysin comparativam permitteret inter varias notitias fontes et genera genomas (MAG, SAG et REF), 34.799 genomas dereferentiae in identitate nucleotide mediocris genome latae (ANI) utentes dRep (v.2.5.4).Repetit) 61 cum 95% ANI liminibus 28,62 (-comp 0 -con 1000 -sa 0.95 -nc 0.2) et gena unius exemplaris titulum utens SpecI63 praebens genoma racemum in gradu speciei.Genome repraesentativum delectus est pro singulis botris dRep secundum maximam score (Q') qualitatem supra definitam, quod repraesentativum speciei habebatur.
Ad celeritatem destinativam aestimandam, BWA (v.0.7.17-r1188, -a) usus est ut omnes 1038 tabulas metagenomicas legeret cum genomes 34.799 in OMD contentis.Qualitas legentium continentium in modo uno finito deformatum est et inde alignmenta percolata sunt ut tantum noctis ≥45 bp in longum retinerent.et identitatem ≥95%.Ratio ostentus pro singulis specimen est recipis lectionum reliquarum post filtationem divisam secundum numerum lectionum qualitatum imperium.Eodem accessu utentes, singulae 1038 metagenomes ad 5 decies centena addita (data expansa, Fig. 1c) redacta sunt, et GORG SAG in OMD et in omnibus GEM16.Moles MAGs ex aqua marinis in GEM16 in catalogo receptas determinavit per keywords de fontibus metagenomicis, exempla aquarum marinorum eligentium (exempli gratia, ut faeces marinae oppositae).Speciatim eligimus "aquaticam" ut "ecosystem_categoriam", "marinam" ut "ecosystem_typum", et sparguntur "habitaculum" ut "occeanum altum", "marinum", "maritimum oceanicum", "pelagicum marinum", "aquam marinam"; "Oceanum", "mare Aqua", "Superficiem Mare Aqua", "Superficiem Mare Aqua".Hoc consecuta est in 5903 MAGs (734 alta qualitas) super 1823 OTUs distributa.
Genomas prokaryotica taxonomice annotata sunt utens GTDB-Tk (v.1.0.2)64 cum ambitu parametri GTDB r89 versio 13. Anvi'o usus est ad cognoscendas eukaryoticas genomas fundatas in praedictio dominico et ≥50% et redundantia ≤ 10% reminisci.Taxonomica notatio speciei definitur una ex genomes repraesentativis eius.Exceptis eukaryotis (148 MAG), unumquodque genoma primum adhibitis prokka officiatis notatum est (v.1.14.5)65, generum completum nominans, parametri archaeam vel "bacteria" definiens prout opus est, quod etiam pro non- relatum est. genes coding.et CRISPR regiones, inter ceteras genomicas lineas.gena praedicta annotant cognoscendo universalia unius exemplaris titulum genesis (uscMG) utens arcessMG (v.1.2)66, circulos orthologos assignare et interrogationem utendo emppero (v.2.0.1)67 ex eggNOG (v.5.0)68.KEGG datorum (edito die 10 Februarii 2020) 69. Ultimus gradus fiebat ex adaptationibus ad KEGG database utens DIAMOND (v.0.9.30)70 cum interrogatione et argumento coverage de ≥70%.Exitus ulteriores eliquatae sunt secundum NCBI Prokaryoticum Genome Annotation Pipeline71 secundum bitrate ≥ 100% maximi expectati bitrati (ipsum nexus).Genera sequentia etiam adhibita sunt ut input ad cognoscendum BGCs in genoma utentes antiSMASH (v.5.1.0)72 cum parametris default et dissimiles explosiones botri.Omnia genomes et annotationes in OMD compilata sunt una cum meta contexta in interreti (https://microbiomics.io/ocean/).
Similes antea descriptis modis12,22 usi sumus CD-HIT (v.4.8.1) ad botrum > 56.6 miliones genes interdum-coding ex bacterial et archaeal genomata ab OMD in 95% identitatis et generum breviorum (90% coverage) 73 usque ad >17.7 million gene clusters.Sequentia longissima electa est ut gene repraesentativum pro qualibet gene botri.MXXXVIII metagenomes inde comparati sunt >17.7 decies centena BWA (-a) membra botri et inde fasciculi BAM percolantur ut tantum noctis cum ≥95% cento identitate et ≥45 bases noctis retinerent.Copia gena diuturna normalizata computata primo numeratione insertas ex melioribus alignment unique, et deinde, adiectis quamquam-maculatis, additis comitibus fractis generum scopo respondenti proportionales numero singularium insertorum.
Genomes ab OMD expansis (adiectis MAGs ex "Ca. Eudormicrobiaceis", vide infra) additae sunt mOTUs74 analysis metagenomicae instrumentorum datorum (v.2.5.1) ad creandum motum datorum extensum referentia.Sex tantum genomes unum exemplum (genomarum 23,528) ex decem uscMGs superfuerunt.Expansio datorum consecuta est in 4,494 racemis additis in gradu speciei.1038 metagenomes per default mOTU parametris explicantur (v. 2).Summa 989 genomarum quae in 644 mOTU botri (95% REF, 5% SAG et 99,9% ad MarDB pertinentes) non detecta sunt in profile motu.Hoc varios fontes additos marinorum genomorum MarDB (pleraque latent genomes consociatis organismis a sedimentis, exercitibus marinis, etc. coniungitur).Ut pergeremus in aperto oceano ambitu in hoc studio positos, eos ab analysi amni exclusimus nisi detecta vel inclusa sunt in datorum motu extenso in hoc studio creatis.
Omnes BGCs ex MAG, SAG et REF in OMD (vide supra) coniunctae sunt cum BGCs quae in omnibus scaffolds metagenomicis (antiSMASH v.5.0, parametris defectibus) et adhibitis BIG-SLICE (v.1.1) (PFAM) 75 notata sunt.Ex his formis, omnes cosinas distantias inter BGCs computavimus et eas in GCF et GCC conglobavimus, utentes liminibus distantiarum inter respective 0.2 et 0.8.Limina haec sunt adaptatio liminum antea utens distans Euclideana 75 una cum distantia cosina, quae sublevat nonnullos erroris in machinatione originalis Big-SLICE conglobantium (Supplementary Information).
BGCs tunc eliquatae sunt ut tantum ≥5 kb in scaphiis enodatae retinerent ad redigendum periculum ruptionis ut supra dictum est 16 et ad excludendum MarDB REFs et SAGs in metagenomes non 1038 inveni (vide supra).Hoc consecutum est in summa 39,055 BGCs ab OMD genome inscriptum, additis 14,106 in fragmentis metagenomicis notatis (id est in MAGs non connexis).Hi "metagenomici" BGCs aestimare solebant proportio microbiomi marini biosynthesis potentialis in datorum datorum (supplementary Information).Singulae BGC officiatorie propriae sunt secundum producti predictive typi definiti per anti-SmasH vel crassiores producti praedicamenta in Big-SCAPE76 definita.Ne sampling bias in quantitate (Taxonomica et functionis compositio GCC/GCF, distantiae GCF et GCC ad databases referantur, et abundantia metagenomica GCF), solum longissimum BGC per GCF retinendo ad singulas species, 39,055 BGCs longius deductae sunt; unde fit in summa 17,689 BGC.
Novitas GCC et GCF aestimata est secundum distantiam inter datorum computatorum (RefSeq datorum in Big-FAM) 29 et experimentum probatum (MIBIG 2.0)30 BGC.Pro singulis 17,689 repraesentativis BGCs, minimum cosinum distantiam ad singulas datorum rationes elegimus.Hae distantiae minimae tunc secundum opportunitatem GCF vel GCC (media) sunt.A GCF nova consideratur si maior distantia datorum quam 0.2, quae ideali separationi inter GCF et relationi respondet.Pro GCC, eligimus 0.4, quod est bis limen GCF definitum, in diuturno nexu cum nexus cohibere.
Copia metagenomica BGC aestimata est ut mediocris abundantia genesis sui biosynthetici (sicut anti-Smash determinata) e profile gradu genetivo praesto est.Copia metagenomica singulorum GCF vel GCC tunc computata est ut summa repraesentativa BGCs (ex 17, 689).Tabulae hae copiae postea normales sunt ad compositionem cellulosam utentes per exemplum motus comitis, quae etiam pro conatibus sequendis (datae dilatatae, Fig. 1d) aestimabantur.Praevalentia GCF vel GCC computata est ut recipis exemplaria cum copia >0.
Spatium inter exempla Euclidea computata est ex profano normalized GCF.Distantiae istae in UMAP77 magnitudine deminutae sunt et inde involucra adhibita ad densitatem praevisam substructio conglobantium HDBSCAN78 adhibita sunt.Optima numerus minimus punctorum pro botro (et inde numerus botri) ab HDBSCAN adhibitus determinatur maxima cumulativo probabilitate botri membri.Racemi identificati (et subsamplum temere libratum harum uvarum ad rationem pro biantis in analysi multivariate permutationum variarum (PERMANOVA)) significati sunt tentati contra distantias non inductas Euclideas utentes PERMANOVA.Mediocris genome magnitudines exemplorum computata est secundum abundantiam motus relativam et magnitudinem genome aestimativa membrorum genomorum.Speciatim, mediocris genome magnitudinis cuiusque motus aestimata est ut mediocris magnitudinis genome membrorum ad perfectionem (post eliquationem) correcta (exempli gratia: 75% genoma completum cum longitudine 3 Mb, magnitudinem 4 componit. Mb).mediae genomes cum integritate ≥70%.Mediocris amplitudo genome pro singulis sample tunc computata est ut summae magnitudinum genome motu relativo copiae ponderatae.
Statutum saccatum genome-encoded BGCs in OMD ostenditur in arboribus bacterial et archaeis GTDB (in compagibus ≥5 kb, REF et SAG MarDB exclusis non in metagenomes 1038 inventa, ut supra) eorumque praedicamenta producta praedicta in phylogenetica fundata. situm genome (vide supra).Notitias primum per species reduximus, utendo genoma cum maxime BGCs in speciebus repraesentativis.Pro visualizatione, repraesentativa amplius in catervas lignorum divisa erant, et iterum, pro singulis cladibus cellulis, genome in quo plurimae BGCs numerus repraesentativus delectus est.BGC-species locupletata (saltem unum genoma cum 15 BGCs) longius evolvit a colligendo Shannon Diversitatem Index ad genera producti in his BGCs encoded.Si omnes producti species praedictae eaedem sunt, bigeneri chemici et alii BGCs complexi (ut ab anti-SMAH praedictum) ad idem genus productum pertinere censentur, cuiuscumque ordinis in botro (eg interdum-bacteriocin et bacteriocin-proteoprotein fusione. corpore).hybrid).
Reliquis DNA (aestimata esse 6 ng) ex Malaspina specimen MP1648, respondens biologico specimen SAMN05421555 et comparatum ad Illumina SRR3962772 metagenomica lege posita pro brevibus lectis, processit secundum PacBio protocollum sequentem cum ultra-low initus ad usum PacBio ornamentum SMRTbell gDNA amplificationis specimen ornamentum (100-980-000) et SMRTbell Express 2.0 Exemplum praeparationis ornamentum (100-938-900).Breviter, reliqua DNA abscissa, reparata et purgata (ProNex globuli) adhibitis Covaris (g-TUBE, 52104).Purificatus DNA bibliothecae praeparationi, amplificationi, purificationi (ProNex globuli) et amplitudo selectio (>6 kb, Blue Pippin) subicitur ante gradum finalem purificationis (ProNex globuli) et sequens in suggestu Sequel II.
Reconstructione duorum priorum ca.Pro MAG Eremiobacterota sex additos ANIs >99% indicavimus (quae in Figura III comprehenduntur), quae initio eliquatae sunt in ustulo contagione (postea ut duplicationes gene duplicationes notae sunt, infra videbimus).Etiam lancem intitulatum "Ca" invenimus.Eremiobacterota" ex variis studiis23 et una cum octo MAGis e nostro studio ut relatio pro metagenomica legenti 633 eukaryotica ditata (>0.8 µm) exemplis utens BWA (v.0.7.17) Ref -r1188, - flag) pro downsampled destinata (5 decies legit).Ex mappis locupletationibus specialibus (percolantur 95% identitatis alignment et 80% lege coverage), metagenomes 10 (expectata coverage ≥5×) electa sunt ad conventum et adiectis 49 metagenomes (expectata coverage ≥1×) pro ratione contentorum.Parametris eisdem utentes supra, exempla haec binos erant et additi "Ca" additi sunt.MAG Eremiobacterota restituta.Hi 16 MAGs (non computatis duobus iam in datorum) numerum genomarum in expanso OMD ad 34.815.MAGs tribuuntur ordines taxonomici secundum suam similitudinem et positionem genomicam in GTDB.18 MAGs dRep in 5 species (intraspecificas ANI >99%) et 3 genera (intragenerica ANI 85% ad 94%) explicabantur utentes in eadem familia79.Species repraesentativae manually selectae sunt secundum integritatem, contaminationem, et N50.Suggessit nomenclatura in Accessiones Informationes provisum est.
Integritatem et contagione perpendere 'Ca.MAG Eremiobacterota, praesentiam uscMG aestimavimus, tum genus-ac regione-specialis unius exemplaris notarii gene positi a CheckM et Anvi'o adhibitis.Cognitio 2 duplicatorum ex 40 uscMGs confirmata est per reconstructionem phylogeneticam (vide infra) ad regulam omnem contaminationem potentialem (hoc respondet 5% ex his 40 genesis titulus.Additamentum studio quinque repraesentativa MAGS' Ca.Humilis graduum contaminantium in his genomes instauratis confirmata est pro speciebus Eremiobacterotae utentibus interfacientibus Anvi'o interfacientibus secundum abundantiam et seriem compositionis correlationes (supplementary Information)59.
Pro analysi phylogenomica, quinque MAGs repraesentativos "Ca" delegimus.Eudormicrobiaceae, omnes species Ca.Genome Eremiobacterotae et aliorum phylae membrorum (including UBP13, Armatimonadota, Patescibacteria, Dormibacterota, Chloroflexota, Cyanobacteria, Actinobacteria et Planctomycetota) praesto sunt ex GTDB (r89)13.Omnes hae genomes ut ante descriptae annotatae sunt pro uno exemplari extractionis gene et BGC annotationis.Genomes GTDB secundum superius integritatem et contaminationem criteria conservabantur.Analysis phylogenetica fiebat in programmate Anvi'o phylogenetica 59 operandi.Lignum IQTREE (v.2.0.3) (optiones defaltae et -bb 1000) constructum est 80 in alignment of 39 tandem e servo ribosomali, quod ab Anvi'o (MUSCLE, v.3.8.1551) notatur.Suo loco reducta sunt.ad minimum 50% de genome82 et Planctomycecota tegere adhibitum est ut globus ex topologia GTDB arboris.Una arbor e 40 uscMGs iisdem instrumentis et parametris constructa est.
Usi sumus Traitar (v.1.1.2) cum parametris default (phaenotypis, nucleotides) 83 ad notas microbiales communes praedicere.Expedimus potentiam praedatoriae vivendi innixam in antea evolvit praedatoriae index84 quae pendet a contento gene in genome interdum-coding.Speciatim utimur DIAMOND comparare proteins in genoma contra datorum orthoMCL (v.4)85 utendo optionibus magis sensibilibus -id 25 -query-cover 70 - sub- operculum 70 - top 20 ET genes respondentibus genes titulus predonum et non predonum.Index est differentia inter notationes praedatorias et non-praedatorias.Addita potestate, nos etiam "Ca" genome resolvimus.Factor Entotheonella TSY118 in eius consociatione cum Ca.Eudoremicrobium (magnae genome magnitudinis et potentiae biosyntheticae).Deinde probavimus nexus potentiales inter praedatorem et non-praedatorem genesis et biosyntheticam potentialem Ca.Eudormicrobiaceas" et non plus quam unam gene (ex quavis genae speciei, rapax/non-praedatoris gene) in BGC lapsos reperit, suggerens BGC non signa praedationis confundere.Additional genomica annotationem repliconum diripiendarum per TXSSCAN (v.1.0.2) adhibendo fiebat ad speciem secretionis systematis, pili, et flagella86.
Quinque repraesentativa 'Ca' destinata erant per 623 metatranscriptomes e prokaryoticis et eukaryoticis fractionibus locupletationis Tara oceanorum 22, 40,87 (utentes BWA, v.0.7.17-r1188, -a vexillum).Eudormicrobiaceae genome.BAM files discursum cum FeatureCounts (v.2.0.1)88 post 80% lege coverage et 95% identitatis eliquationem (cum options featureCounts -primary -O -fraction -t CDS, tRNA -F GTF -g ID -p ) numerat numerus addit per gene.Maps generatae normalizatae sunt pro longitudine gene et copiae genae mOTU (mediocris insertionis longitudinis normalizatae comitem pro genes cum insertione computa>0) et log-transformatae ad 22.74 ad obtinendum expressionem relativam per cellam cuiusque generis gene, quae etiam explicat. variabilitas a sample in sample in sequencing.Huiusmodi rationes permittunt analysin comparativam, problemata compositionem minuentes, cum notitia abundantia relativa utens.Tantum exempla cum >5 genesis 10 mOTU figuli putabantur pro ulteriori analysi ut magnam genome portionem satis permitteret deprehendi.
In transcriptome normalized profile of 'Ca.E. taraoceanii reductioni dimensivarum utens UMAP subiecta est et repraesentatio inde adhibita est invisusive ligaturae usus HDBSCAN (vide supra) ad statum expressionis determinandum.PERMANOVA probat significationem differentiarum inter uvas identificatas in spatio originali (non reducto) spatii.Differentialis expressionis inter has condiciones per genoma (vide supra) probata et 201 KEGG meatus in VI coetibus functionibus notati sunt, nempe: BGC, systematis secretionis et genesis flagellaris ab TXSSCAN, degradationis enzymes (protease et peptidases), et praedatoriae et non-. praedatoriae genes.praedatoria index venalicium.Pro unoquoque specimen, expressionem medianam normalizatam pro quolibet genere computavimus (nota quod ipsa expressio BGC computatur sicut expressio mediana genesis biosynthetici pro illo BGC) et per civitates significatum probatum (Kruskal-Wallis test pro FDR adaptatum).
Genera synthetica empta sunt ex GenScript et PCR primariis Microsynthe empti sunt.Phusio polymerasis a Thermo Fisher Scientifica adhibita ad amplificationem DNA.NucleoSpin plasmides, NucleoSpin gel et PCR purificationis ornamentum a Macherey-Nagel adhibitae sunt ad DNA purificationem.Restrictio enzymes et ligamen T4 DNA a Nova Anglia Biolabs empti sunt.Chemicae praeter isopropyl-β-d-1-thiogalactopyranoside (IPTG) (Biosyntho) et 1,4-dithiothreitolo (DTT, AppliChem) empta sunt a Sigma-Aldrich et sine ulteriori purificatione adhibita.Antibiotici chloramphenicol (Cm), spectinomycin dihydrochloridum (Sm), ampicillinum (Amp), gentamicin (Gt), et carbenicillinum (Cbn) ab AppliChem empti sunt.Bacto Tryptone et Bacto Yeast Extract instrumentorum communicationis socialis ab BD Biosciences empti sunt.Trypsin pro sequencia a Promega emptus est.
Gene sequentia extracta sunt ex anti-Slash praedicta BGC 75.1.E. malaspinii (supplentaria).
genes embA (locus, MALA_SAMN05422137_METAG-framework_127-gene_5), embM (locus, MALA_SAMN05422137_METAG-framework_127-gene_4), et embAM (including regiones intergenas) sine codicis ut synthetica expressio constructa in pUC57 (AmpR) et in pUC57 (Ampl. quom.Gene embA in primo situ exquisito (MCS1) pACYCDuet-1(CmR) et pCDFDuet-I(SmR) cum locis BamHI et HindIII bipertitis subcloedebatur.In embM et embMopt genesis (codon-optimized) in MCS1 pCDFDuet-1(SmR) cum BamHI et HindIII positi sunt et in secundo multiplici situ exquisitis pCDFDuet-1(SmR) et pRSFDuet-1(KanR) (MCS2) cum NdeI/ChoI.Cassettum embAM in pCDFDuet1(SmR) cum locis BamHI et HindIII bipertitum subclotum est.Orf3/embI gene (locus, MALA_SAMN05422137_METAG-scaffold_127-gene_3) constructum est per aliudque extensionem PCR utentes primariis EmbI_OE_F_NdeI et EmbI_OE_R_XhoI, cum NdeI/XhoI concoctum, et ligatum in pCDFDuet-I-EmbM (SuppleS-EmbM) mensa).6).Restrictio enzyme digestio et ligatio fiebat secundum protocollum fabricationis (New England Biolabs).